北京青春痘诚信医院 http://pf.39.net/bdfyy/bdfrczy/index.html
生信必备神器
前面我们分享了两个生信神器，
一个是Conda，专门解决生信软件安装、环境配置迁移。
另一个是Snakemake，专门解决如何跑pipeline和生信流程搭建和管理。
这两个神器，不光是生信日常工作必备，也是当前生物信息工程师求职广告中经常出现的必备技能。
其实从实用的角度来说，这两个神器足以应对求学、科研、日常工作中绝大多数需求。
但是，哪个行业都内卷……
有了conda为什么还需要Docker
如今，很多生信软件都是通过Docker发布的，很多生物信息的培训和workshop，也直接以dockerimage的形式发布。
本来不想学docker的我，在遇到以上内容，又不得不用的时候，简直寸步难行。，所以借天挑战，把docker拿下。
今儿先聊聊Docker是什么，存在的合理性，和学习的必要性在哪儿
Docker是什么
用官话说，
Docker是一个用于开发，交付和运行应用程序的开放平台。Docker使您能够将应用程序与基础架构分开，从而可以快速交付软件。借助Docker，您可以与管理应用程序相同的方式来管理基础架构。通过利用Docker的方法来快速交付，测试和部署代码，您可以大大减少编写代码和在生产环境中运行代码之间的延迟。
用人话说，
docker就是个高端的环境配置软件和软件发布工具，有点类似虚拟机。但是比虚拟机高效的多。例如，可以让windows跑ubuntu，也可以让ubuntu跑windows。一台主机可以装多个docker的image。
每个image都可以跑独立的系统和应用环境，每个image有自己独立的进程管理，但是又最大可能的与主机和其余image共享系统的kernal和底层应用，所以比虚拟机高效很多。
如果以上都没懂的普通用户来说，
只需要记住，Docker可以近似成一个懒人版的进阶Conda。你只需要一行代码装上image，软件和所需要的环境和数据就已经在里面了，不需要自己装。
因此，Docker在专业的开发者，如运维工程师、前后端开发人员中非常流行，最近在生物信息学workshop和软件发布也经常见到。
Docker的优点，
用官话说，
让软件的开发、发布、运行和维护都变得异常简单，而且可移植性无与伦比。
用人话说，
让开发者和用户都非常容易的运行程序的一个软件。
假如，你想重复别人的一个分析，不用docker的时候，需要下载数据，下载人家的代码，这两个还算容易，但是想装人家的软件，有时候简直噩梦，因为软件编译和环境配置有时候不但很考研技术、而且还巨花时间。
用docker的时候，只用一行代码，就可以把他的整个电脑直接拷贝到你的电脑，完全不用考虑软件安装、数据代码下载和环境配置。
数据、代码、软件完全一致，所以用起来真的很香。
今儿说完了docker是什么，明儿我们接着聊，怎么装，怎么用的问题
关于博主大家好，我是山石，山西农业大学（本）、天津大学（硕）、瑞典乌普萨拉大学（博），瑞典农业科学大学（博士后）。
在生命科学领域学习工作了15年，目前为瑞典农业大学生物大数据分析ResearchFellow。
从普通二本院校到世界百强大学，一路踉跄走到了求学路的尽头。虽未获得成功，但是心中的小火苗还没有熄灭。此刻怀着仅剩的执着，开启了职场终身学习的征程。
我同时是知乎、
转载请注明地址:http://www.zhengzaixingdong.com/dnjg/dnjg/14831.html
